دانش پژوهان پس از پذیرش، در دوره عمومی مشغول به تحصیل میشوند که این دوره به مدت چهار سال و در هشت ترم به طول میانجامد. در این دوره دانش پژوهان موظف هستند علاوه بر شرکت در دروس اصلی فقه و اصول، در درس تفسیر و حدیث و درس جنبی مرتبط با فقه و اصول که از طرف مؤسسه اعلام شده شرکت نمایند و در هر ترم لازم است یک مقاله علمی را زیر نظر استاد راهنما نوشته و تحویل دهند.
در طول دوره دانش پژوهان دروس جنبی همچون «روش تحقیق»، «رجال کاربردی»، «تببین اصطلاحات فقه و اصول» و ... را فرامی گیرند.
دانش پژوههان پس از گذراندن دوره عمومی، در یکی از گرایشهای «معارف تبلیغ» «کلام اسلامی»، «فقه خانواده» یا «مهدویت» به مدت دو سال، مشغول به تحصیل میشوند.
تبصره: پس از قبولی در امتحانات پایان ترم چهارم، دانش پژوه میتواند در یکی از گرایش های اعلام شده توسط مؤسسه شرکت کند به شرط اینکه متعهد به تکمیل دوره عمواست؛ یعنی همزمان با تکمیل دوره عمومی در دروس اختصاصی گرایش مورد نظر نیز شرکت میکند.